本
文
摘
要
Trinity三位一体，三部电影、两部游戏和一部动画，揭秘黑客帝国矩阵世界
PS考古砖家 嗦粉研究室出品
时光荏苒，岁月如梭，主演基努里维斯从年轻帅气的俊俏小伙，变成了潇洒有型的气质大叔，导演和编剧沃卓斯基兄弟俩也变成了沃卓斯基姐妹。但在网络世界，你的肉身可以不腐，精神可以不朽。你想化身黑客穿梭于网络世界吗，你想体验瞬间学习各式技能外挂吗，嗦粉研究室带您一起走入《黑客帝国》的奇妙世界。
沃卓斯基兄弟姐妹
大家好，欢迎来到嗦粉研究室。盼星星、盼月亮，沉寂了多年的《黑客帝国》系列最新作，《黑客帝国4》电影终于在2021年12月18日于旧金山首映，2022年1月14日则会在中国上映。
黑客帝国4 矩阵重启
自从1999年3月24日首映以来，《黑客帝国》给我们带来了无数惊喜与思考，飘逸灵动的打斗风格，标志性的“子弹时间”，瞬间移动的矩阵跳跃，还有影片所展现的人类的未来，机器人与人类的相处模式，人类的救赎之路等等。但想要理解导演沃卓斯基兄弟姐妹所传递出的信息，单单只看完《黑客帝国》电影三部曲是远远不够的。
The Matrix
在《黑客帝国4》上映前，沃卓斯基兄弟已经导演制作了三部电影，参与制作了两部动作游戏和一部动漫电影。因此想要串联起整个黑客帝国的故事线以及剧情内容，需要一并看一看这些作品。
嗦粉研究室帮助大家整理后的观看和游玩顺序是
2003年上映的动画版The second renaissance part 1&2《第二次文艺复兴》两部
The second renaissance part 1
The second renaissance part 2
1999年上映的《黑客帝国1》The Matrix 和2005年发售的游戏 Path of Neo第一部分
黑客帝国1
2003年动画版 《Kid’s story》 少年故事
Kid’s story
2003年的动画版《Final Fight of The Osiris》终极战役
Final Fight of The Osiris
2003年制作的游戏《Enter the Matrix》进入矩阵
PS2 游戏《Enter the Matrix》 进入矩阵
2003年上映的《黑客帝国2》The Matrix Reloaded矩阵重启和2005年发售的游戏 Path of Neo第二部分
《黑客帝国2》The Matrix Reloaded矩阵重启
2003年上映的《黑客帝国3》The Matrix Revolutions矩阵革命和2005年发售的游戏 Path of Neo第三部分
《黑客帝国3》The Matrix Revolutions矩阵革命
2005年发售的游戏 《Path of Neo》尼奥之路
最后剩下的动画版《Program虚拟程序》《World Record世界纪录》《Beyond超越极限》《A Detective Story侦探的故事》《Matriculated矩阵化》可以在看完电影《黑客帝国1》之后，在看《黑客帝国2》之前进行观看。
现在就跟随嗦粉研究室一起进入黑客帝国的矩阵世界吧。
人类世界不断发展进步，逐渐繁荣昌盛。后来人类按照自己的样子制造了机器人。刚开始的一段时间是平安无事的，机器人承担了几乎所有繁重的体力劳动，但人类对于自己制造的机器人，却并没有尊重和保护的想法，只是将它们作为私产和工具。
机器人
直到有一天，一个型号为B1-66ER的机器人，为了保护自己的继续存在，杀害了想要销毁自己的主人。结果可想而知，B1-66ER随即遭到人类的审判，结果就是同型号的机器人全部被终结销毁。尽管有一部分人同情这些机器人，并掀起了“百万机器人” *** *** 活动，但大趋势迅速演变为人类对机器人的大规模屠杀。
遭到人类的审判的B1-66ER
幸存下来的一些机器人，来到了人类文明的发源地，中亚高原的“应许之地”迦南，并建立了一个国家 Zero-One。永不停歇的机器，使得机器人国家的生产力水平迅速提升，并且随着机械技术的发展，Zero-One诞生了超越人类的Artificial Intelligence人工智能。
Zero-One
起初一段时间，机器人和人类河水不犯井水，人类社会也会使用机器人国家生产的质优价廉的机器商品，但人类社会的商品在自由市场中很明显是吃亏的。人类社会的货币汇率一直下跌，Zero-One的货币汇率不断上升。为了挽回颓势，人类社会继而采取了经济上封锁、政治上孤立以及军事上围堵的方法来限制Zero-One的发展。
和平大使
Zero-One随即派出和平大使，来到联合国希望与人类和睦共处，但人类并未答应这一提议，还向Zero-One宣战。为了摧毁Zero-One，人类也不惜使用了核弹，但由于机器人本身的构造，并不惧怕辐射和高温。
Zero-One的反击使人类阵营一步步失陷；认为机器人的能量来源来自于太阳的人类，转而想到使用“Dark Storm”黑暗风暴的计划来隔断天空和太阳，以此来断绝机器人的能量来源。
“Dark Storm”黑暗风暴
命运是如此地讽刺。这个行动对机器人来说并没有什么用，反而对人类社会形成了掣肘。机器人通过研究人类的身体机能，收集人类喜怒哀乐情绪化产生的生物电和体热，利用聚变的方式来为机器运作提供取之不尽的能源。在机器人的强大攻势下，人类社会最终落败。而起初希望和平共处的苹果也变成了在联合国自曝的炸弹。
毁灭的和平
落败的人类，绝大部分都变成了机器人的战利品，他们被放置于培养皿中，思维也被接入一个神经交互模拟系统。机器人构造虚拟的人类社会让这些人类能够持续、稳定地为Zero-One提供能源。而这个规模庞大、组织严密且不断发展的网络系统，就是矩阵（the Matrix）。
还有一小部分的人类得以幸存下来，他们聚集到地下，依靠地心热能，建造了人类幸存都市Zion锡安。人类在这里过着原始的穴居生活，既不见天日，还要躲避机器人的追杀。
Zion
幸存下来的人类也希望解救身在矩阵中的同胞。当身在矩阵中的人类怀疑自己所在世界的真实性，想要寻求真相时，这个信号就会被Zion的幸存者获取。Zion在经过评估、筛选合适的年龄对象后，就会进入矩阵进行营救。这些被解救的人以Morpheus为代表，他在矩阵遇到了有预知未来能力的先知（Oracle），先知告诉他想要拯救人类，战胜机器，必须找到一个人the One，他将会是救世主。
the One救世主
而这个被认为是救世主的人，就是黑客帝国1的主角——Thomas Anderson托马斯·安德森。看似一个普通的年轻人，但他一直用两种方式生活着。一个身份是在Meta-Cortex软件公司里做程序员，和大多数普通人一样过着平淡无奇的生活，为生计忙碌着；而另一个身份则是电脑世界里的著名黑客，化名是Neo。Neo一直在网络世界追寻传奇黑客Morpheus的踪迹，试图找到他。
Morpheus
这种强烈的意愿与追求真实的信号被Morpheus获悉了，于是Morpheus派遣Trinity去寻找Neo，但Neo的踪迹早就被矩阵特工Smith发现了，他们来到Neo的公司抓捕他。尽管Morpheus电话指挥Neo逃跑，但当Neo看到脚下的深渊时，又开始怀疑Morpheus话语的真实性。软弱的他被Smith抓获。
但如果玩家在2005年发售的PS2游戏Path of Neo中操控Neo的话，可以体验到不一样的剧情。Neo听从Morpheus的指示，逃到了公司的外面，并借助刷窗工人的升降梯来到了大楼顶部。随后Neo从消防楼梯开始逃离，一路潜行，到达1楼，发现Trinity正骑着摩托等待着他。之后游戏剧情就会直接跳跃到，Trinity带Neo见Morpheus的场景。
Trinity
但电影的情节是Neo被特工抓获。在审讯室里，Smith想通过销毁Neo的网络犯罪证据让他投诚，供出Morpheus的下落。但Neo闭口不言，没有服从的Neo被Smith植入了一个机械侦测虫，想要以此作为诱饵。好在Trinity及时找到了他，并将机械虫抓了出来。Neo终于见到了Morpheus，Morpheus向Neo述说了一些富有哲理的话，并拿出了红色药丸和蓝色药丸给Neo作选择。若是红色药丸，就可以继续追寻真相，寻找Neo想知道的答案，蓝色药丸可以让Neo重新回到原本的生活，忘记一切。
Red pill&Blue pill
Neo当然选择了红色药丸，随后Neo开始产生幻觉，镜子破镜重圆。在真实世界Neo的身体也开始苏醒，醒来的Neo发现自己身处在一个器皿中，周遭都是人类储藏罐，并且散发着高能的电压。发现Neo苏醒过来的机械虫，决定作废弃处理，将Neo身上的各种神经管道拔出，并排放到下水道。熟悉捞人套路的Morpheus早已等待多时，将Neo打捞上来，并进行紧急治疗。Neo终于来到了真实世界。
“尼布甲尼撒号”飞船
Morpheus带着身体恢复的Neo，参观了“尼布甲尼撒号”飞船，并介绍了船上的一众成员，Trinity，Cypher，Apoc，Switch，Tank，Dozer和Mouse。更重要的是，Morpheus让Neo见识到了模拟的矩阵母体Matrix。在模拟程序中，Morpheus给Neo展示了虚拟的网络世界和真实世界的情况，解释了What is the Matrix，什么是矩阵。但Neo起初很难接受这种真相，不相信这是一切是真的。Morpheus随后给Neo讲述了先知的预言以及救世主的信息，尽管Neo还很疑惑，但Morpheus坚信自己已经找到了救世主，他就是Neo。
Tank&Neo
在船员Tank的鼓励和帮助下，Neo开始认真训练，学习了诸多格斗技巧。
玩家若是游玩游戏Path of Neo，就可以体验让Neo化身《街头霸王》的“Ken”与身着白衣的“Ryu”进行潜行、格斗训练，并且使用酷炫的“子弹时间”，游戏是称为Focus，使用后有一定的冷却时间，但Focus槽可以自动恢复。
Neo格斗修行
除了空手道格斗训练，Neo还会化身日本武士造型，与剑术大师进行对练。在训练片刻后，Trinity也会加入，和Neo一起击败剑术大师。美中不足的是，游戏中使用的剑技都是以中段架势，招式并没有很多，若是像《仁王》一样能够切换上、中、下段架势一定会很厉害，但这款游戏毕竟是2005年的作品，我们不能太强求。
剑术修行的Neo
完成日式风格的剑术修行后，Neo又会化身“Bruce Lee”进行硬桥硬马的中国武术修行。场景也会变成港式风味十足的茶楼，甚至还有斧头帮串场。Neo也可以获取场景中的斧头、棍棒进行回击。
Bruce Neo
有传统武术的肉搏，当然也少不了港片动作戏常有的枪战。Neo完成单枪、双枪、轻机枪的修行后，对Neo修行成果感兴趣的Morpheus也想试一试NEo的身手。
而在与Morpheus的格斗对练中，Neo起初完全跟不上Morpheus的动作。Morpheus随后引导要超越自己所想的，free you mind，突破不真实和真实的界限。
Morpheus VS Neo
玩家在游戏中可操控Neo来对战Morpheus，随着解放自己的Neo使用Focus技巧后，Morpheus也不敌Neo。不过在跳跃训练中，面对高楼大厦，Neo还是展现了迟疑和畏惧，这也让他将受伤的意识变成了真实伤害。同时这也反映出，若是在矩阵中遭遇不测，在真实世界缺乏意识的躯体也难以存活。
当然在游戏中的Neo并不畏惧高楼，已经学会飞檐走壁的Neo轻松完成了与Morpheus的竞速练习。
矩阵模拟
当Morpheus在训练程序中进一步给Neo解释矩阵的运作，以及专门监察矩阵程序运作的黑衣特工的时候，真实世界的机器乌贼前来扫荡。面对难缠的机器乌贼，“尼布甲尼撒号”及时将引擎关闭逃过一劫。
当晚，难以入眠的Neo和值班的Cypher聊天，Neo也看到了经典的绿码矩阵雨。Cypher给了Neo一个忠告，“遇到特工，一定要跑得越快越好”。
Cypher
但这位Cypher Regan，其实是特工Smith的线人。因为Cypher对真实生活感到十分失望，他希望回到矩阵的虚拟生活中去，变成一个VIP（Very important person），享受有钱有权的生活，而他的投名状就是给Smith提供知道Zion主机密码的关键人物——Morpheus。
次日早晨，在一段充满恶趣味的早餐时间后，觉得时机成熟的Morpheus决定带Neo去见先知。而Cypher也终于找到了机会。他一进入矩阵，就将手机丢入垃圾桶，以便特工追踪他们的行踪。
追踪信号的手机
在玩了一会勺子后，尼奥见到先知，等待的却又是一番富有哲理意味的对话。“Know thyself，Being the one is just like being in love”。Neo没有得到准确且直接的答案，因为先知并非知晓未来是怎么样的，而是引导Neo去追寻他心中的未来。在适当时候，Neo还需要在牺牲自己和牺牲Morpheus中做出选择。对先知的话一知半解的Neo继而对真相更加疑惑。
而当Neo回到接头处，他发现两只一模一样的黑猫连续走过并说了一句“ deja vu” ，大家这才意识到特工已经设下了埋伏。率先阵亡的是设计红衣女郎的Mouse。Neo拿到Apoc递来的手枪后，玩家就可以操控Neo 在迷宫似的大楼里穿梭，击败一些特警之后与Morpheus汇合。
远程协助的Tank
随后尽管Morpheus联系身处飞船的Tank及时做出了应对，但最后还是因为Cypher的出卖，身处主墙管道的众人还是被特工Smith发现了。Morpheus为了救出Neo一行人，毅然选择牺牲自己，主动出击，却被Smith又快又硬的铁拳击败抓住。
Trinity、Neo、Spoc、Switch和Cypher只好从下水道逃跑，此时会发现Cypher故意摔了一跤与Trinity她们走散。玩家则需要操控Neo与其他人一起击败特工与警察后逃离下水道。
故意走散的Cypher
而故意走另一条通道的Cypher，诱骗Tank打开矩阵出口，率先回到飞船。他用电磁枪杀害了毫无防备的同伴Dozer。等待接线的Neo、Trinity等到的是Cypher的背叛。Apoc、Switch相继被Cypher拔掉神经网络插头而死。千钧一发之际，重伤的Tank用电磁枪击毙了Cypher，成功将Neo和Trinity从矩阵中救出。
另一头，特工Smith正在对Morpheus严刑拷打，并不断给Morpheus注射“真实针剂”，想要获取Zion的入口指令。而为了不让指令泄露，就要拔掉真实世界Morpheus的神经网络插头，以牺牲Morpheus来保全Zion。
遭遇严刑拷打的Morpheus
为了救出Morpheus，Neo决定攻入重重把守的特工大楼。在Tank和Trinity的帮助下，Neo学会了诸多枪战技能。“Guns，lots of guns.”
正当Smith给Morpheus宣讲他所悟到的“人类病毒论”,并摘下耳机，暂时脱离和矩阵母体的连接，告诉Morpheus自己真正的想法——寻求真实时，Neo和Trinity已经身着黑色风衣，全副武装，用一阵酷炫吊炸天的枪战和格斗技杀入特工大楼总部，如入无人之境，大杀四方。
救援Morpheus的Neo
玩家也可以在游戏中操控Neo来一展拳脚，利用华丽潇洒的中国功夫，运用诸多枪械来击败不断涌现的特警和特工。
为了尽快找到Morpheus，Neo和Trinity借助电梯的反向拉伸和爆炸，来到了楼顶，并在此上演了最经典的“子弹时间”戏码，但还没有完全掌握这项技能的Neo，帅不过三秒久就倒地了，好在有Trinity补枪救援。
子弹时间
当然游戏中的这一段天台打斗戏码要长许多，Neo和Trinity不仅要击败不断空投下来的特警，还要打爆远程攻击的武装直升机。
Neo在瞬间掌握直升机驾驶技能的Trinity以及远程协助的Tank帮助下，用飞机上的加特林干掉了天台上剩余的敌人和前来支援的直升机。
解决掉场外麻烦的Neo，终于找到了Morpheus，他鼓励Morpheus用意识挣脱了束缚，并在完成酷炫的空中对接后，成功救出了Morpheus。但被Smith击中的直升机渐渐失控， 好在直升机坠毁之际，Neo用缰绳把Trinity拉了上来，这也让Tank、Trinity和Morpheus相信Neo就是那个the chosen one。
空中对接
但Morpheus一行人必须从矩阵母体脱出才算真正逃离，在Tank的帮助下，地铁站设置了矩阵脱离出口。
但地铁站内，一个老乞丐发现要逃亡的Neo众人，在Morpheus和Trinity成功脱出后，Neo留下和特工Smith展开恶斗。两人的打斗犹如镜子一般，你来我往。
游戏中还加入了一段Neo在地铁站和列车大战特警特工的戏码。但特工Smith只是程序，就算被火车碾压也无法将其杀死。在大街上经过一番追逐打斗后，Neo还是被特工Smith乱枪打死。Trinity和Morpheus都不敢相信这一切。
遭遇枪击的Neo
真实世界的“尼布甲尼撒号”飞船此时也被机器乌贼哨兵发现和攻击。为了尽可能拖延时间，Morpheus没有立刻使用EMP电磁脉冲波。
幸运的是Neo在听到Trinity“爱的呼唤”后复活，并真正开始了解矩阵的奥秘。这也应证了先知所说的“想要成为the one救世主，下辈子吧。”
面对可怕的特工，Neo不再像以前那样逃避，而是用自己的能力将子弹阻挡在面前，并轻易地消灭了特工Smith。
升级的Neo
真实世界的机器乌贼此时也攻进了船舱，等Neo安全脱离矩阵后，Morpheus利用电磁脉冲干掉了袭来的机器乌贼。
而这一切并非结束，故事只是刚刚开始。
以上就是《黑客帝国1》的剧情内容，介绍了矩阵的由来，人类与机器世界的矛盾冲突，主要人物和背景故事，也引发了虚拟世界与真实世界的热议。
在开始黑客帝国2的剧情之前，其实中间相隔了6个月，因为根据电影第二部Morpheus对Haman议员说的“In the past six months, we have freed more minds than in six years.这六个月以来，我们解救的人远超过去六年。”可以得知Morpheus这段时间又从矩阵中解救了不少同胞。
矩阵救援
而这些解救同胞的部分过程可以在游戏Path of Neo中游玩到。
已经够资格穿上黑色风衣的Neo开始了像Morpheus一样的前往矩阵世界拯救同胞的行动。
Neo会去帮助那些想要脱离矩阵虚拟世界的人。游戏中选取了五个人的故事。
《The Key》中，Neo来到一个从未来过的地方，碰到了一个被困在此处的红色西装女郎，她还念叨着想要出去。Neo帮助女孩打败黑帮势力后，获取了脱离矩阵的钥匙，来到矩阵维修通道后，Neo对女孩说，接下来的一道门需要你自行选择。
Neo与红西装女郎
《The Healer》中，Neo在唐人街遇到了一个药草店的中医师，话说这个医师还有几分像元华。医师自称Demons来找他了，并把Neo当成了Demon。不仅如此，他还一再表示自己接受选择后的结果与命运。干掉了前来抓捕医师的警察后，对Neo表示感谢的医师给Neo吹了一些magic powder，Neo的能力瞬间提升了许多。升级后的Neo击败更为强大的特工后，将医师送上了有矩阵出口的列车，最后结尾是一张Mega City Sentinel的报纸，上面写着Miracle cure Saves girl。
若是联系刚才我们游玩过的《The Key》，应该是红西装女孩获救了，医师上了有矩阵出口的列车也是表明他获得了解放。
the Healer
《The Security Guard》中，一个曾经是警察的教堂保安在讲述他碰到Neo的那个晚上的故事。
六个月前，这个警察坚信自己杀掉了Neo，但现在Neo再次出现在他的面前时，让已身为保安的他难以置信 。
交谈中，特警已经杀到了，Neo一直追着保安来到教堂顶层，发现特工Smith正在串掇保安，让保安杀掉Neo，但保安没有照做，特工Smith转而调转枪头要攻击保安，这也使得保安相信Neo是来拯救他的。击退特工Smith后，Neo与保安一起离开。
被Smith串掇的保安
《Skull Lament》 中，一个名叫Chuang Tsu发现了一具又干又老的骷髅头，当他哀叹完万物终结后，还把头骨当枕头一样枕着入睡。一天，Chuang Tsu正在房间里作画，画的正是那副头骨，门外来了一群特警来抓他。Neo及时赶到，击退了警察。而早先一步进入房间的特工也被身手不凡的Chuang Tsu踢出门外。
两人经过一番友好的武艺切磋后，前来支援的特警与特工相继杀到,击败敌人后，房间的电话也响了，两人脱离矩阵。
Chuang Tsu VS Neo
《 The librarian》中一位图书管理员执着于将每一本书放在它该在的位置，但有一本书很奇怪，不管她怎么放，拿走书的位置又会出现一本书。正在她继续操作时，两名黑衣特工前来抓她。Neo前来救援，击退众多特工和警察后，Neo带着图书管理员离开了。
拯救图书管理员的Neo
根据上面这五个Neo解救矩阵中的人的故事来看，《The key》最后是Neo给了女孩选择的自由；《the Healer》是医师接受自己选择的结果和命运；《Skull Lament》是Chuang Tsu拒绝Skull对他的诱惑和束缚；《The Security Guard》是保安对肉眼所见真相的怀疑与Neo真诚救援之间的转换；《The librarian》是图书管理员对真相有一股执着精神。
导演安排这几个人让Neo去拯救，应该也是有他的用意，想让Neo在面对不同人的困境、以及他们对待不同的选择时，观察矩阵中的人类的想法与举动。继而引导Neo去理解如何选择、为什么选择以及选择的结果。
除了Neo在矩阵中有救援行动，Trinity在动画版《A Detective Story侦探的故事》中也有一次，但那个侦探还是没有经过考验，最终救援失败了。
侦探的故事
有Morpheus小队的主动救援，还有矩阵中那些具有高度观察力、怀疑精神的人会自我觉醒。
动画版《World Record世界纪录》中的一位短跑运动员Dan Davis保持着百米世界纪录8秒99，但他想要追求更高的目标。当他在比赛中奋力奔跑时，仿佛整个世界都被他甩在身后，最后Dan以双腿受伤的代价，将世界纪录刷新到8秒72，那一刻他也看到了真实世界，找到了自由。
追求极限的Dan
在一段时间的矩阵救援行动后，《黑客帝国2》的故事也开始了。
影片《黑客帝国2 重装上阵》的开头同样是Trinity的个人秀。Trinity身着风衣在一栋大楼展开大战，但在坠楼时被特工的子弹击中，命不久矣。好在这只是Neo的一场梦。Neo醒来后，并没有告诉Trinity梦境的内容。
镜头一转，Zion的船长们正在秘密开会，讨论机器大军的进攻问题，而获取情报的是一位红衣女舰长Niobe，她也是Morpheus的前女友。
秘密 *** 的Zion舰长
其实这一部分的剧情内容在动画版《终极战役》中有提及。
“欧西里斯号”飞船在无意间发现成千上万的机器乌贼正在地面集结，并用巨大的机械钻头向地下掘进。船长Thadeus分析，它们的目的是毁灭位于地下的人类最后城市——Zion。为了将这个消息送到Zion，“欧西里斯号”飞船展开了最后的绝命飞行。船长Thadeus的情人Jue自告奋勇进入矩阵传送这个紧急信息，同时“欧西里斯号”飞船为了给Jue赢得送信的时间，也开始了最后的战斗。
发现紧急情况的Osiris号
虽然Jue将这个情报投递到了矩阵邮箱，但最后“欧西里斯号”飞船全体壮烈牺牲。
而如何获取这个紧急进攻情报的剧情内容，则是在2003年发售的《黑客帝国 Enter the Matrix》中有详细的交代。
Thadeus是Logos号飞船舰长Niobe的好朋友，相信好友的Niobe认为：Thadeus最后传递出的信息一定是至关重要的，若是不管不顾，有可能会让Zion全军覆没。这样就算自己会遇到什么风险都不重要了。
因此Niobe和她的大副Ghost决定前往矩阵取回这个情报。
Ghost&Niobe
游戏中玩家可以选择Niobe或Ghost进行游戏，部分关卡中两人的动作操作和流程都是一样的，但在涉及车辆、飞船驾驶的环节，以及关卡中有分工合作的路线时，场景剧情会有相应的变化。
进入矩阵后，在接线员Sparks的帮助下，Niobe和Ghost需要前往邮局，找到编号731222的邮箱，获取其中的情报。
抵达邮局后，Niobe和Ghost相互配合终于拿到了情报，但也被邮局的保安部队和特工发现，一阵乱斗和枪战也在所难免。
Ghost
在Sparks的指引下，两人终于逃出邮局，但也在大街上被警察围追堵截，得益于Niobe高超的驾驶技术、Ghost的精准射击技术，两人摆脱了追兵。但此时特工也抵达现场in charge，两人决定分头行动。
一段街头巷尾、紧张 *** 的跑酷运动后，Ghost和Niobe终于找到了出口，脱出矩阵。
而那份The last tran *** ission from Osiris也终于揭秘了，机械大军正在大举进攻Zion。
Niobe立即下令将情报发送到Zion情报中心，得知紧急情报的Zion国防军指挥官Jason Lock联系到Niobe，让她召集所有飞船返回Zion。
The last tran *** ission from Osiris
为了让所有飞船能够收到 “a full recall”全体召集令， Niobe决定利用矩阵机场的电话，一来可以来摆脱特工的追踪，二来信息的上载量也更大。
正在利用机场付费电话进行信息留言的Niobe，接到the Vigilant号接线员Jax的电话，得知Soren舰长的船员Axel在机场被特工抓捕的消息，前去营救的Soren舰长也被特工紧逼。尽管十分危险，但Niobe还是决定去救援他们。
机场通信的Niobe
Niobe和Ghost兵分两路，Niobe去追踪Axel，而Ghost则去帮助Soren。
又是一阵 *** 酷炫的枪战与打斗，Ghost终于找到了Soren，但此时特工也发现了他们。为了尽快救出Axel，Ghost在塔楼支援。Soren的手下Binary守住楼梯口进行掩护，Soren则去候机楼寻找Axel。
而另一边追踪Axel的Niobe也经过重重困难到达机库，尽管消灭诸多机场特警后，Niobe还是没能阻止飞机起飞，她便连线Ghost要求支援。
Ghost神来一击
武器大师Ghost用狙击枪的“神来一击”截停了运载Axel的飞机。在英勇无畏的Ghost努力下，特工Jackson驾驶的武装直升机也被击坠了。但Soren说Axel被转移到另一架飞机，救援还得继续。
Niobe又重新杀回机库，寻找到了转移Axel的飞机。Ghost也驾驶警车去追那架飞机，Soren和Binary则去吸引特警的注意力。在飞机升空前的一刻，Niobe驾驶汽车冲进飞机舱，紧随其后的Ghost却没有追上飞机，只得在地上继续追赶。
高空跳伞Niobe
在飞机上的Niobe干掉特警，救下奄奄一息的Axel。但飞机上还有入侵飞行员的特工Johnson，经过一番战斗，Niobe把他踢下了飞机，并从即将坠毁的飞机上跳伞。早先一步从飞机上跳伞的Axel虽然被特工截获，但Axel在和特工的打斗中制造了车祸，使得Ghost顺利救出了他。而从飞机上跳伞的Niobe也联系到Ghost来定位她的位置进行救援。
逃脱出来的Niobe、Axel和Ghost驾车离开了机场，并在地铁站进行了矩阵脱出。Niobe在脱离矩阵前，遇到了一个蓬头垢面的人，嘴里还念叨着“Zion只能坚持72小时”的话语。
火车人Trainman
Zion的一众飞船舰长和大副开始按照约定时间碰面，注意守门的这两个兄弟，Corrupt和Wurm，他们都是the Gnosis号的船员。Niobe到达会场后，the Vigilant号的Soren舰长首先对Niobe和Ghost的救援行动表示感谢。随后尽管Morpheus的“尼布甲尼撒号”迟到了一会儿，但还是带Neo参加了会议。
众人一起商讨乌贼进攻的消息真假和应对策略，而除了Morpheus之外，其他舰长都表示遵从Jason Lock指挥官的命令先返回Zion。Morpheus则提出要留下一艘飞船来等待先知的指示，Morpheus本想自己留下的，但“尼布甲尼撒号”需要先回Zion补给能源。The Caduceus号的船员Malachi和Bane自告奋勇留下。注意这个Bane，后面的戏分很关键。
Bane
而在一旁预感到有什么事情发生的Neo离开会场，来到楼上进行侦查，得知有人留了一个耳机监听器给他。看到Smith留下的监听器，Neo立马意识到特工已经来了，并让同伴赶快通知大家撤离。
玩家可以操控Neo使出很多酷炫的格斗技击败率先破门而入的三名特工。影片中Neo击败三名特工后一飞冲天直接来到先知家显得太过突兀，对吧。其实中间还有一段剧情。
Neo化身超人其实是去救援遭遇特工和警察追捕的Morpheus和Trinity，还有the Caduceus号的舰长Ballard，the Hammer号的舰长Roland，the Logos号的舰长Niobe，以及the Gnosis号的舰长Ice。
蓄势待发的Neo
在游戏中，玩家可以操控Neo从天而降，救援被武装直升机和特警围困的Morpheus和Trinity。
Morpheus脱困后，需要先回到飞船进行起航准备。而Neo则再去救援Ballard舰长。Neo和Ballard在餐厅击败一众警察和三名特工后，Ballard先行脱出矩阵，并告诉Neo，自己的船员Bane和Malachi会留下等待先知的消息。
Ballard舰长
Neo从井口帅气地降落，溅起水花无数。来到下水道的Neo帮助Niobe击退了追捕的特工后，再去工厂货仓救援Roland，帮助Roland打开货仓控制室成功脱离矩阵后，Neo的救援行动就告一段落了。
Roland舰长
回到Zion前，Neo想要找先知解答疑惑，他像超人一般翱翔天际，很快来到先知家中，但先知的房间空无一人。Neo只好作罢，跟随Morpheus和Trinity回到了地下都市——Zion。特工Smith随后到达现场，可以看到出现了两个Smith。其实第一部结尾Neo的身体穿过Smith后，Smith不仅没有消亡，还从Neo身上获得了自我复制的能力，此外还能够不受矩阵母体的限制，拥有了更高的权限。
两个Smith
回到Zion的Morpheus立马就被Lock指挥官请到了办公室，并展开了争论。Lock是Niobe的现男友，除了私事之外，Lock并不相信先知、救世主那一套，他关注的是军队纪律以及更为现实的问题。Lock也打算向议会提议罢免私自行动的Morpheus，好在Haman议员及时赶到，没有让两人的冲突升级。
回到Zion的Trinity、Neo和接线员Link受到一个热情小伙的迎接，Kid，他的真名是Michael Karl Popper。这个小伙其实是《黑客帝国》动画版Kid’s Story短片的主角。
Kid总会从噩梦中惊醒，在梦境中，他看见黑色的鸟儿飞起，自己从高楼上坠下。其实Kid已经对自己身处的世界有了怀疑，想要追求真实。
寻求真实的Kid
获取这一信号的Neo指引Kid进行逃离。在学校，Kid用他最擅长的滑板一路摆脱黑衣特工的追捕。可惜的是，尽管Kid已经逃到高楼，还是被特工包围。
Kid相信Neo，从高楼一跃而下，如同他所熟悉的梦境一样。但这次结果是，人们在墓园给Kid举办葬礼，并对他的遭遇表示惋惜。
但在真实世界，Kid凭借他的强大意志苏醒了过来，看到了Neo，这让Kid坚信是Neo救了自己。
所以当Neo回到Zion时，Kid非常热情地前来迎接，并表示希望之后能加入“尼布甲尼撒号”，与Neo并肩作战。
随后Neo和Trinity来到Zion的平民区，人们带着礼物与期待，希望救世主Neo能够拯救他们的亲人、朋友。
等待Neo的民众
此时注意这位母亲说的话，他的儿子Jacob在the Gnosis号上服役，后来Bane Smith发射EMP摧毁的五艘战舰，the Gnosis就是其中之一。
Trinity看到大家对Neo的热情与期望，先行离开，她的去处我们先按下不表。
而接线员Link则是回来看第一部阵亡的Dozer和Tank的妹妹Zee，据说是饰演Tank的演员档期以及片酬原因，没有继续参演，所以第二部电影的设定是Tank因伤重不治死亡了。
Zee很担心Link也会像自己的两个哥哥一样，在“尼布甲尼撒号”遭遇不幸，但Link相信Morpheus和Neo，战争很快就会结束，和平终将到来。
Link&Zee
另一方面，在会场得知特警突袭的Niobe、Ghost和一众舰长迅速应对和撤离。但Enter the Matrix游戏的主角是Niobe和Ghost，所以情节上有一些小小的出入。Niobe和Ghost会在下水道协助逃离的the Caduceus号的Ballard舰长、the Gnosis号的Ice舰长和船员Corrupt以及失去联系的Jacob。与特警进行一番恶战后，陷入绝境的Niobe和Ghost在the Key Maker开锁匠的帮助下终于逃离下水道，来到了矩阵的维修通道。
开锁匠向两人解释说，矩阵的结构像一座建筑物，它是建立在一个个子结构的基础之上。而自己曾被一个名叫Merovingian的流亡者囚禁在山上的一座城堡里，最近开锁匠借助矩阵的维修通道逃离了出来。
the Key Maker开锁匠
正当开锁匠打算将一把要交给the One救世主的钥匙交给Niobe和Ghost时，矩阵维修通道冲出了两个持枪的Merovingian手下，Cain和Abel。原来是Merovingian的两个手下为了得到开锁匠的钥匙，而故意打开了矩阵维修通道。得到钥匙的手下迅速离开，回去向Merovingian复命。开锁匠只得拜托Niobe和Ghost前去夺回钥匙，因为“The key is integral of the path of the One,钥匙是救世主之路不可或缺的一部分。”
意识到事态严重的Niobe和Ghost立刻前往Merovingian的城堡。为了尽快夺回钥匙，Ghost和Niobe兵分两路。
Cain和Abel
如果玩家选择Niobe探索城堡的话，会在刚搜寻不久，就遭到潜伏在城堡、酷似吸血鬼的长发男Vlad袭击，长发男将Niobe带到了充满诡异仪式感的地方，但并没有将她直接交给Merovingian,这也就给了Niobe生存的机会。
醒过来的Niobe挣脱了束缚，继续在城堡搜寻，一路击败众多攻击方式类似吸血鬼和狼人的敌人后，终于找到长发男并干掉了他。此时Niobe接到了接线员Sparks的电话，得知Ghost陷入困境，需要救援。Niobe前去Ghost最后出现的地点Library进行搜寻。
Persephone和Niobe
进入一间房间后，Niobe遇到了一个美丽的女人，这个女人其实就是Merovingian的妻子Persephone珀耳塞福涅，她宣称，若是想要知道同伴Ghost的下落，就需要像亲吻她最爱的人一样kiss her。
Persephone第一次kiss Niobe时感觉很糟糕，第二次才露出微笑，并询问Niobe她最爱的人是谁，Niobe回答是Jason，但Persephone从她的kiss中否认了Niobe的说法“No，it is not，but I beg Jason knows.”
玩家若是选择Ghost路线，也会有这个场景的亲吻戏份，但两人的对话内容和剧情流程有些差别。Persephone只kiss了Ghost一次，便感觉很满足。她还一并说出了Ghost心底的话，“Unrequited love. Such longing for something you will never have.”Ghost的真爱是永远埋藏在心底的单相思。
Persephone和Ghost
亲吻过后，Persephone为Niobe打开了房间的密室。Niobe随即进入密室，来到了城堡的地下监牢，经过一番搜寻与打斗，终于在底层监牢发现了Ghost。Ghost已经被Merovingian的手下绑缚住。玩家如果选择Ghost进行游玩，遭遇囚禁的则是Niobe。等待Merovingian的手下Cain和Abel离开后，Niobe扶着Ghost脱离监牢，他们又碰到了现在身处监牢的开锁匠，开锁匠给了Niobe脱离监牢迷宫的钥匙。
尽管Niobe和Ghost脱离了地底监牢，却遭到the Evil Virus 双子星病毒的追击。Niobe和Ghost又开始了亲密无间的配合，一人驾驶汽车，一人开枪射击。甩开追兵后，两人在Sparks的帮助下脱离矩阵。真实世界的the Logos号飞船也回到了Zion。
Zion空港
回到Zion后，the Logos号飞船各部也开始进行休整。早先一步回到Zion的Trinity前来看望Ghost。发现Ghost正在模拟程序中修炼。 Ghost与Trinity以兄妹相称 , 在一阵见面寒暄调侃后，二人开始对练起来。
又一次“击倒”Trinity后，对练结束，两人谈论起了Neo是否会终结这场战争。Ghost和Trinity都表示相信，但Trinity并不知道为什么以及是如何相信Neo的。Ghost则引用了丹麦宗教哲学心理学家克尔凯郭尔（Kierkeggard）的话来开导Trinity。
Ghost和Trinity
“Kierkegaard reminds us that belief has nothing to do with how or why”，信仰与为什么和怎么样没有关系。Belief is beyond reason.信任是超越理性的。
从模拟程序中回到真实世界的两人，随后又开启了一段贤者模式的对话。从导演对Ghost “禁欲派佛教杀手”的人物设定，以及Ghost在Trinity离开后的表情，我们应该能够知道在城堡的Library，Persephone口中所说的Ghost单相思对象就是Trinity。联系之前先知对Trinity所说的预言“Trinity爱上的人就是救世主”，以及现在Trinity已经爱上了Neo的事实，Ghost永远也无法与Trinity在一起，只能将爱永远藏在心底。
Lock和Niobe
另一边，指挥官Jason Lock前来寻找回到Zion休整的Niobe，并表示希望得到Niobe的支持，站在自己这边。但Niobe劝导Lock去尝试相信Morpheus以及相信人们能够打赢对机器的这场战争。
随后，Lock和Niobe吻别，但从Niobe的表情和反应，以及Persephone在library所说的话，我们可以知道Niobe心底最爱的人依旧是Morpheus。
在真实世界的夜晚。成千上万的Zion居民聚集在山洞中的圣殿，Haman议员对奋战在外、奋斗在此的人们给予精神鼓励，并让Morpheus发表演讲。
Morpheus发表演说
Morpheus发表震撼人心的演说时，Niobe也在一侧静静地看着。受到Morpheus灵魂般的呼喊与鼓舞，Zion的居民进行了一场震天撼地的狂欢。 这一刻忘却机器的威胁，这一刻释放原始的欲望，这一刻寻求心灵与肉体的契合。
狂欢过后，又想起了梦境场景，害怕失去Trinity的Neo出来散步，碰到了Haman议员。Neo和Haman议员对机器的产生和运作、人类与机器的关系、生命与控制等问题展开了发人深省的讨论。
与Zion平静的夜晚不同，我们将视线转回危机四伏的矩阵世界。还记得那两个自告奋勇留在矩阵，等待先知消息的 the Caduceus 号船员吗？Malachi和Bane。他们果然等到了先知的消息。但想要得到先知的消息，当然还少不了“常威”的一顿毒打。
Enter the Matrix游戏中，Malachi会和先知的守护者Seraph过过招。随后，Malachi带着先知的口信先行一步脱离矩阵，但准备脱离矩阵的Bane被特工Smith偷袭，进行了连接复制，变成了另一个Smith。
借助Bane的外壳，Smith也来到了Zion，他用小刀划伤自己的手，感受着真实世界和真实的痛楚。
得知先知传来消息的“尼布甲尼撒号”众船员在Haman议员的批准下，立即动身准备前往矩阵，看到Neo的Bane想要背后捅刀子， 好在Kid的一声“Neo”叫喊中断了他的偷袭。Bane转而向Neo道了“祝福”“Good luck”，以及“We will see you”。
Bane Smith
Kid则给Neo带来了一份孤儿送给他的礼物，一把勺子，这使Neo想起了他在先知那里看到的小孩。
根据先知提供的消息，Neo来到一间中式茶馆，看到正在喝茶的“常威”，啊，不是。是打人之前先抱拳道歉的先知守护者Seraph。Seraph的代码是金色的，和绿色的矩阵代码完全不同。
Path of Neo游戏中，Neo和Seraph的打斗分为三部分，第一部分是和电影一样的常规打斗；第二部分，两人来到茶楼外面的梅花桩，上演经典的“火烧梅花桩”戏码，这个场景和1993年袁和平导演的《少年黄飞鸿之铁马骝》一样，果然是同一个人指导的，素材绝不浪费。当然游戏的展现肯定会酷炫以及不合常理一点。
铁马骝
火烧梅花桩
第三部分是两人来到电影院，会发现后面幕布上放的就是《黑客帝国2》的电影片段，游戏中的两人还一起回头看了一眼。此时场下还有一名观众在呐喊助威，但Neo年轻人不讲武德，竟然用拖把来打“常威”。
电影院大战
经过一番打斗后，Seraph确信Neo就是救世主，将他带进了矩阵的后门维修通道。就是之前救援Niobe和Ghost的开锁匠出现的地方。
Neo见到了坐在长椅上的先知。先知正在喂乌鸦。Neo得知先知和Seraph都是矩阵的一部分，但不知道如何相信先知是否是真心帮助人类。但这时已经不是要让Neo进行选择，而是要让Neo知道为什么这样选择的目的。
Neo想知道是否还有像先知一样的程序，先知则向Neo解释了程序的运作以及去处，一是隐藏在后门，二是回到程序源头，就是要回到主机，而那里也是救世主之路的尽头。
Smith
先知想知道Neo在梦中见到的光门后面的东西，但Neo回答说只看到影片开头Trinity坠楼的场景。但并没有看到Trinity的死亡。这也为后面的情节埋下了伏笔。
时间到了，先知在离开前，告诉Neo想要拯救Zion需要先找到开锁匠，而开锁匠现在被Merovingian囚禁。
当先知走后，Smith在群鸦中现身了。但Neo并不害怕和吃惊。现在的Smith与Neo已经产生了连接，Smith也获取了Neo的一部分代码，不过此时的Neo能力比以前更加强大，就算复制了附近行人和特工的Smith加在一起，也无法击败Neo，还让Neo展现了一下精彩的飞天棍法。复制的Smith越来越多，乌压压的一片又一片，最后Neo用了一招“力拔山兮气盖世”，一飞冲天脱离了混战。只留下一脸蒙圈的Smith。游戏中则是Neo在清场之后，以“完美收工”的姿势飞走了。
Neo
而在Zion基地，指挥官Lock为了让Niobe留在总部，以the Logos号飞船电磁脉冲波EMP功率不够，人数太少的理由，向议会报告了将除Logos号飞船以外的飞船部署在Zion防线的应对策略。虽然Lock很自私，但也能够理解他的这种做法。
隔天，议会召开了应对机器大军的布防大会。议会将Zion的防御部署全权委托给Jason Lock，但有一个要求，需要派遣两艘舰艇前往矩阵寻找Morpheus和Neo。当然这个行动是自愿参与的。
率先 *** 的是先前被Niobe、Ghost救援过的Vigilant号的Soren舰长。已经被Smith同化的Bane Smith此时也乘机向 the Caduceus号舰长Ballard提议一起去，但马上被骂回。
一阵短暂的沉寂后，Niobe站起来表示愿意一同前往去协助“尼布甲尼撒号”。尽管Jason很不情愿，但也只能接受这个事实。
Soren舰长
而为了找到关键人物开锁匠，Neo一行人根据先知的指示，来到了 Merovingian的地盘。Neo察觉到这里的编码和以往不同，可能是被改写了。而且每层楼似乎都安装了炸药。他们来到101层，在餐厅见到了正在用餐的Merovingian、Persephone和the Evil Virus。
Morpheus要求Merovingian交出开锁匠，但显然Merovingian并不愿意将开锁匠拱手送出。从Merovingian与Neo等人的对话，也可以看出，他其实是先知的对立面。如果说先知是引导人类走向未来，那么Merovingian则是倾向守旧和维持现状。
无法继续谈判的Morpheus一行人只好先行离开，但同时也感到困惑，为何事情与先知所讲的不同。好在Persephone表示愿意帮助Morpheus。
101层
如同帮助Niobe和Ghost一样，想要获得Persephone的帮助，就要Neo给她一个充满爱意的吻。为了知道开锁匠的下落。尽管一旁的Trinity醋意十足，隔着屏幕都能感觉到她的杀气，但Neo还是摘下墨镜，给了Persephone一个深情的吻。
Persephone与Neo
随后Persephone将看守Library的一个手下干掉，却让另一个手下给Merovingian报信。此处Persephone让手下通风报信应该是想要报复Merovingian，因为她让手下去报信的地方是女厕。从另一个角度看，Persephone应该也是古老的程序之一，负责指引救世主找到开锁匠。
随后Morpheus一行人来到了囚禁开锁匠的监牢，救出了开锁匠。
Merovingian
正要离开时，Merovingian也带人赶到，一场恶斗一触即发。Neo为了掩护其他人，留下和Merovingian的手下展开了一场恶斗，刀枪剑戟，斧钺钩叉，耍的有模有样。但敌人的十八般武艺一起上阵也打不过Neo。Merovingian只好先行开溜。追击Merovingian的Neo开始搜寻城堡，回到了地下监牢，还救出了一个杀马特风格的女人。 这个女人有点像之前《The Key》中的女孩子。来到监牢的最底层，Merovingian为Neo准备了三道门，每一道后面都有不同的考验，颠倒世界、蚂蚁人、保镖、杀手，电网；最后一个考验是让Neo谨慎选择之前救出的杀马特女郎，玩家在这一部分也掌握了类似“佩恩”的引力技能，“万象天引”。击败女巫后，Neo也完成了Merovingian设置的考验。
但the Evil Virus 双子星病毒一直追杀开锁匠，双子星病毒就算遭受枪击也能立刻复原。这时又上演了经典的一幕，Morpheus左手拿刀，右手拿枪牵制双子星病毒。Trinity及时发动汽车带着开锁匠和Morpheus逃离。但双子星病毒依旧紧追不舍。Neo随后也向Morpheus的信号位置进发。
双子星病毒与Morpheus
Morpheus一行人被双子星病毒、警察、特工围追堵截，只好铤而走险，前往101高速公路寻求生机。
另一边，从Zion前来协助的Niobe和Ghost ，此时也联络到了接线员Link，Link让Niobe跟着警笛声，就能找到Morpheus。
但在高速公路上，双子星病毒和黑衣特工不断变换攻防、使用各种骚操作追击Morpheus。Morpheus让Trinity带开锁匠先走，自己留下断后。黑客帝国名场面就此诞生，Morpheus再次左手拿刀，右手拿枪，一刀逼停了双子星病毒的座驾，并开枪引爆汽车，送双子星病毒升天看星星。看到这里，先知都愿称“Morpheus为黑客帝国第一 *** ，帅到掉渣”。
黑客帝国第一 ***
Trinity则利用开锁匠的钥匙，开启摩托，带着开锁匠，一人一骑穿梭于车水马龙之间，终于等到Morpheus前来接应。但Morpheus被黑衣特工发现，只得在大货车车顶展开肉搏对决。
Niobe驾车一路追踪警笛声，Ghost则用枪不断射击追杀Morpheus的警察和特工的车辆 。经过一番追逐，Niobe终于在Morpheus不敌特工，从货柜车上掉落时，接住了Morpheus。
在Niobe的协助下，Morpheus一脚踢飞了特工，但反应迅速的其他特工随即驾驶另一辆货柜车前来，就在两辆货柜车即将碰撞的千钧一发之际，Neo似乎是听到了Morpheus的“爱的呼唤”，及时赶到，以超人之姿救出了Morpheus和开锁匠。
Neo超人
而此时身处Zion总部的Jason Lock得到了the Icarus号飞船传来的消息，先头部队的两艘舰艇已经做好迎战准备。尽管机器大军现在遇到了铁矿石的阻碍，但留给Zion的时间已经不多了。隐藏在暗处的Bane Smith依旧用它的小刀刀在体验真实的痛苦，现在他的手上已经有三条刀痕了。
为了获悉开锁匠所知的关键信息，Morpheus向the Logos号的Niobe舰长和the Vigilant号的Soren舰长发出了紧急求援信号。但当Logos的接线员Sparks听到Morpheus再次发来的求援信息时，他近乎崩溃了。但Ghost及时喝止了他。听完Sparks一番牢骚和抱怨的Niobe，还是答应了Morpheus的紧急求援。
暴躁小哥Sparks
脱困的开锁匠向Morpheus、Niobe、Soren众人讲述了一个重大的秘密。有一栋大楼里隐藏着通往矩阵源代码的大门，而且他手里的钥匙可以打开大门。但大楼的安保系统十分严密，任何警报都会引起爆炸。为了瘫痪大楼的安保系统，必须破坏供给二十七个街区电源的市供电站以及紧急备用电源系统，同时还要求Neo在大门缺乏保护前的三百八十四秒之内建立新的连接，方可进入源代码的大门。
Morpheus相信是命运的指引，让三舰共同协作，是宿命引导着这一切，而今晚将终结人类和机器之间的战争。
三舰同盟
众人开始分工合作，Niobe和Ghost负责破坏城市供电站，Soren和他的手下Vector、Binary负责切断后备电源系统，开锁匠负责打造开门的钥匙。Morpheus则和Neo跟随开锁匠前往大门。
到了约定切段电源的晚上12点，Niobe和Ghost兵分两路、里应外合破坏了城市供电站，但回到真实世界后，接线员Sparks发现许多事情不太对劲。这时Seraph打来电话，说先知有话要告诉the Logos号的船员。Niobe和Ghost来到Seraph的茶馆。一样的“抱歉”开头之后，Seraph就动手了。
Seraph
玩家选择Ghost或是Niobe进行游戏时，如果没有击败Seraph，就只会得到一句“I am sorry,but the Oracle was mistaken. You cannot help us.”无法见到先知，Seraph继续喝他的大碗茶。若是击败了Seraph，就能够进入先知的房间。
先知与Ghost的对话颇为具哲理，但当先知告诉Ghost，Trinity只是将Ghost当作哥哥时，Ghost终于感到释怀并感谢先知；随后先知便将自己源代码遭到出卖的消息告诉了Ghost，尽管先知事先早就知道，但为了“爱”和“孩子”以及相信“the child will change both our world and your world forever”.先知表示，让Ghost来并不是让他去阻止代码的泄漏，而是在最困难的时刻应该去做应该做的事。
先知与Ghost
先知随后问了一句“you still love her, don’t you ?”,Ghost回答“As much as she loves another.”并引用了哲学家Nietzsche尼采关于爱命运的诗句“One must want nothing to be different—not forward, not backward, not in all eternity.Not only bear what is necessary, but to love it.”来回应先知的“That is a hard path to walk.”
先知此时说了一句拉丁语“Amor fati”，并给Ghost发了一张好人卡，说“if somehow we do survive, the path does continue. I hope it is made by others like you.如果我们以某种方式幸存下来，那么这条路就会继续下去。我希望它是由像你这样的人成就的。”
埋伏的Smith
离开先知房间回到矩阵维修通道的Ghost，碰到了潜伏的Smith，但显然Smith是想要等Neo的。复制的Smith越来越多，想要抓住Ghost。Ghost也没有和他们继续纠缠，夺路而逃。在唐人街一路奔逃的Ghost，终于在Sparks的帮助下，到达教堂脱离了矩阵。
玩家若是选用Niobe击败Seraph后，也会进入先知的房间。
先知与Niobe的对话要感性许多。先知告诉Niobe，Merovingian警告和威胁自己，若是选择继续帮助Neo，就会干掉她。而这个选择也是Niobe需要作的，帮助或不帮助Neo。
先知与Niobe
先知说Neo被困在“between your world and ours”,Trinity能够去救她，但会让她自己会面临死亡的危险。
Niobe听完后表示愿意提供帮助，而这个帮助也是先知所说的救世主之路的一部分。“The path of the One is made by the many.”每个人都会扮演她该扮演的角色。
Niobe表示需要知道更多的信息，但先知回答说“The heart never speaks, but you must listen to it to know.You know, Niobe. You always do.”让Niobe遵循心之指示。
从先知房间出来的Niobe和Ghost一样，在唐人街一路逃亡到教堂脱离矩阵。
Niobe和Ghost回到真实世界后，预感到不妙的N iobe立即让Sparks进行布防。
那么问题来了，这些一直存在的不妙感觉是发生了什么呢？
Soren舰长与Vigilant号
原来，负责切断后备电源系统的Soren舰长的the Vigilant号飞船遭到机器乌贼的袭击。为了进行警报应对的Axel踩到年久失修的铁板，重摔死亡，而铁板也间接导致接线员Jax背刺而亡，但就算没有这个小意外，随后来袭的章鱼炸弹也还是让the Vigilant号全军覆没。
晚上12点，城市供电站被破坏，开锁匠也打造好了钥匙，但后备电源系统启动了。意识到Soren舰长出事的Trinity不顾Neo行动前的嘱咐，只身一人，骑着她的座骑——飞天摩托，冲向了大楼。Trinity杀进电源控制室，进行中断系统的操作。
城市供电站被破坏
而准时进入矩阵维修通道的Neo、Morpheus和开锁匠却遭到了等候多时的Smith的埋伏。玩家可以操控Neo在Morpheus的协助下，在矩阵维修通道击败不断复制的Smith。游戏将这段打斗戏分添加了许多枝节，让玩家能够感受到时间的紧迫感，与完成任务的急切感。
Trinity的飞天摩托
好在最后一刻电力系统终于被切断，但开门的开锁匠命中注定地牺牲了。这一刻不知 *** Morpheus有没有落泪，但是我落泪了。
遇难的开锁匠
Neo拿着开锁匠的钥匙，打开了那扇光之门。在满墙电视都播放着Neo的房间，Neo见到了架构师the Architect。架构师也是一个程序，但他创造了这个矩阵母体。
一切谜底现在都将揭开。起初架构师创造了一个类似伊甸园一样的完美世界，但这样的世界很快就崩溃了，因为忽略了人类生而有之的天性，即对未来的希望。没有追求、没有动力，也就没有存在的意义。后来架构师又为新的世界添加了人性这一变量，参照人类的历史发展，给人类选择，让虚拟世界越来越真实，矩阵的人类也生活得越来越像人。
架构师与Neo
但虚拟世界的系统不管如何升级和完善，总会有一小部分人怀疑世界的真实性，就像《黑客帝国》动画版中的追求运动和身体极限的短跑运动员Dan，从高楼跃下的Kid，寻找Trinity的侦探Ash等等。 所以为了顺应人类的这种思想，先知和架构师就为人类创造了救世主，救世主带着怀疑世界真实性的人们建立了Zion，但Zion其实也只是架构师观察人类未来走向的研究对象。
Neo前的五位救世主都有一颗悲天悯人的心，想要拯救人类，也会经历脱离矩阵母体、遇到先知、寻找开锁匠、进入矩阵母体、回到源程序的流程。但他们最终还是失败，Zion也被毁灭了五次。而救世主每次重生都会选择16男7女，再次重新建立Zion，这23个人类应该是对应着人类的23对染色体，象征新生的生命。
23对染色体
根据架构师的解释以及先前Merovingian一直说Neo之前的救世主也来过就能发现，救世主其实是一个不符合预定规则的系统缺陷程序，也就是通常说的bug。出现bug后，就需要引导程序（也就是先知）进行引导。而当Neo被引导打开大门，回到源程序后，就会面临选择。一是回到源代码，矩阵重启，即救世主再次选择23个矩阵母体的人建立Zion；二是返回矩阵，而一旦返回矩阵，系统就会死机，因为出现了不可控的bug。
由于架构师是完美主义者，他难以忍受不断出现的这种版本更迭后还会出现bug程序（即救世主Neo）的情况。所以在第六代版本，架构师加入了先知所要求的“爱”，使矩阵中的人类拥有了“爱”的情感。
Neo爱上了Trinity，也使得Neo的程序变化越来越大，能力越来越强，同时情感的多样选择也使得矩阵情况更为复杂。而为了平衡Neo的存在，架构师也在第六代矩阵中加入了Smith。这也是为什么Smith一直执着于Neo存在的原因。但由于受到Neo的影响，Smith也从Neo身上获得了解放，架构师再也无法控制Smith了。
维修通道的埋伏
在预定的选择流程，现在Neo要么选择右边的门，回到源代码，系统重启，重建Zion；要么选择左边的门，返回矩阵，系统死机，人类灭亡。但此时Trinity为了拯救Neo，只身前往矩阵，还不幸中弹，即将坠楼而死。这一幕应该也是先知所构建的“爱”之引导。
为了拯救Trinity，同时也想拯救Zion的Neo，相信“希望”这一人类最强大的力量也是最致命的弱点，毅然选择了左边的门，化身超人，躲过大楼的爆炸，以无法捉摸的速度救下了中弹坠楼的Trinity。现在矩阵世界是可以说是Neo的地盘，Neo取出了Trinity体内的子弹，还为她徒手做了心脏起搏手术，救活了Trinity。
徒手心脏起搏术
随后脱离矩阵的Neo告诉众人真相，救世主的预言只是一个谎言，24小时后Zion就会毁灭。此时机器乌贼也没有给Neo他们喘息的机会。一发章鱼炸弹毁了“尼布甲尼撒号”。其他机器乌贼前来追击，但感觉已经不一样的Neo右手一伸，用意念挡住了来袭的乌贼，随后昏睡了过去。
好在“the Hammer”号飞船及时赶到，救援了Morpheus小队。
在一些电影字幕里面，the Hammer号会写成Mjolnir，中文翻译就成了“米觉尼号”。熟悉漫威宇宙的观众应该会比较熟悉，这个词是“雷神之锤”，它确实也源自北欧的古斯堪的纳维亚语系。
The Hammer雷神之锤号
但大家可能还会有疑问，为什么这么巧the Hammer号飞船会出现在这里？
我们将时间线拨回到晚上12点“三舰同盟”共同行动前。
潜伏在the Caduceus号飞船的Bane Smith干掉了舰长Ballard和大副Malachi，发射了the Caduceus号的EMP电磁脉冲波。由于此时部署的舰队还没有整备到合适位置，五艘战舰瞬间被击溃。当机器乌贼进攻过来时，就演变成了一场大屠杀。
Bane Smith
嗦粉研究室根据游戏以及电影的剧情细节推断，被摧毁的这五艘舰艇应该是the Icarus、the Novalis，the Caduceus，the Gnosis和the Vishnu，关于这些舰艇以及船上的成员，我们会单独做一期内容来解析。
好在the Hammer号当时在EMP的射程范围之外，幸免于难。随后the Hammer号在搜寻幸存者时，就发现了Bane Smith。所以在黑客帝国2的结尾，Bane躺在Neo的对面，一起接受治疗。
黑客帝国3的剧情紧接着第二部，因为当时导演是一起拍摄的，只是长度过长，分成了上下集。
第三部影片一开头，就是the Hammer号搜寻Niobe和Ghost的下落。那么已经完成城市供电战破坏任务的the Logos号发生了什么状况呢？
The Logos号
在Enter the Matrix的游戏中，若是玩家没有击败Seraph，则会直接接上遭遇机器乌贼袭击的剧情；而玩家击败Serpah，会触发与先知见面，然后在唐人街逃离Smith追捕的剧情。回到真实世界的Niobe和Ghost，会先让Logos号做好战备工作,暴躁小哥Sparks再发一顿牢骚后,进入遭遇机器乌贼袭击的剧情。
当然在驾驶大师Niobe与武器大师Ghost的配合下，射爆了让“尼布甲尼撒号”和“Vigilant号”毁灭的章鱼炸弹，同时凭借the Logos号出色的航行速度，也暂时摆脱了追击的机器乌贼。最后被逼入绝境的the Logos号利用仅存的能源发射了一发EMP，再次脱险。游戏Enter the Matrix也在Niobe和Ghost等待救援中画上了句号。
好了，将我们的视线再次转回the Hammer号，想要知道Neo下落的Morpheus，接到了Seraph打来的电话，说先知有话要讲。
打电话的Seraph
很奇怪，Morpheus和Trinity没有经过Seraph的“抱拳敬茶”就直接见到了先知。
细心的观众会发现先知换人饰演了，这是因为之前饰演先知的演员Gloria Foster因为糖尿病去世了，换了新的演员Mary Alice。所以之前见过先知的Trinity才会表示疑惑问她是谁。
当然电影中先知也暗示了相貌发生变化的缘故，应该是要逃避Merovingian或Smith的追杀。因为在Enter the Matrix游戏中，先知与Niobe和Ghost见面时就提过自己已经被信任的程序出卖的信息。而且先知若是选择帮助Neo，那么Merovingian一定会都让她付出沉痛的代价。
先知与Trinity、Morpheus
先知告诉Trinity，“He is trapped in a place between this world and the machine world”Neo现在被困在这个世界与机器世界之间的某个地方。注意先知的表述，她并没有说是在真实世界和矩阵世界之间，也就暗示我们所认知的真实世界是真伪存疑的。
而一个为Merovingian工作，名为Trainman火车人的程序掌握着这两个世界的连接。现在Morpheus和Trinity要做的就是尽快找到Neo。
先知让Seraph带领他们去找火车人， 在列车上，一个蓬头垢面的人又出现了。他就是那个Niobe和Ghost救出Vigilant号的Axel后，出现在地铁站的人，嘴里还念叨着“Zion只能剩72小时了”。
火车人很惊慌地逃跑，Seraph三人紧追不舍，在算准列车经过的时间后，满手戴着表的火车人还是跑掉了。
Mobil Ave
另一边，Neo在一个名为“Mobil Ave”的火车站台醒来，看到了一个印度裔的小女孩Sati，并得知这里是火车人的地盘。随后Neo见到了先前在101层餐厅看到的印度人父亲Ramakandra和他的妻子Kamala，他们都是程序，Kamala是第一个由AI自动编写出来的程序，而Ramakandra是第六代矩阵中第一个获得人类情感的程序。
Ramakandra去见Merovingian就是为了让女儿Sati生存下去，但Merovingian只保证Sati不被删除，Rama需要借助火车人将Sati送到先知那儿，拜托先知照顾。而这也是先知之前见Niobe和Ghost所说的“爱”与“孩子”，他们是未来的希望。
Sati一家与Neo
火车人虽然被Seraph三人追逐晚点了一会儿，但还是到站接走了Sati。Neo想乘机无票上车，被火车人一拳击飞。
为了救出Neo，Seraph三人只得去找火车人的老板Merovingian。一行人干掉数名保镖后，持枪来到灯红酒绿的 *** 找Merovingian谈判。
Merovingian提出要用先知的双眼来交换Neo。显然这是不可能的，谈判破裂。Trinity抓住机会用枪抵住Merovingian的头，场面瞬间被Trinity的一条枪控制下来。
谈判
就在Neo想要用意念尝试逃脱时，谈判成功的Trinity来接Neo了。得救的Neo感觉自己有很多的困惑，于是又找到先知，想知道这些问题的答案。在先知家，Neo不仅见到了样貌改变的先知，也见到了已经被火车人送到的Sati。
Neo想要知道选择的结果，但先知也无法回答。让Neo “know yourself”。但先知告诉Neo，自己看到了末日将要来临。为了平衡Neo而存在的Smith，现在已经脱离架构师的控制，力量和权限越来越大的Smith不久就会毁灭一切，只有Neo能够去阻止他。
Neo走后，先知让Sati跟随Seraph离开。Seraph刚带着Sati出门，就发现Smith杀到了。就算东躲 *** 还是被抓住。
没有Seraph保护的先知也被Smith复制融合了，Smith进化成了先知Smith，获得了预知未来的能力。也许是看到Neo被自己打败的未来，Smith发出一阵邪魅狂笑。
邪魅狂笑
另一边，回到飞船的Neo需要处理一下刚刚得知的海量信息。此时如同Neo的回归一样，Bane Smith也醒了过来，但他说之前the Caduceus号发生的一切都想不起来了。询问无果的Roland舰长也只好让Maggie医师尝试用药物让Bane恢复记忆。
搜寻了许久的the Hammer号也终于找到了等待救援的the Logos号，Niobe、Ghost和Sparks也得以获救。见到Morpheus的Niobe告诉他，自己也已经从先知那儿知道了想要知道的信息。
Zion总部的议会此时也在商讨仅剩12小时的作战计划，一是需要破坏不断挖掘的钻头，二是要组建尽可能多的志愿军进行Zion的防御部署。
Zion议会
Zion基地的所有人都在为战争做着准备，Tank的妹妹Zee在制造弹药，崇拜Neo的Kid也谎报年龄加入了志愿军。
结束搜救工作的the Hammer号，Roland舰长与众人商讨回防Zion的计划时，一直闭门思考的Neo终于走了出来。他提出想要一艘飞船前往机器之城，和机器谈判彻底终结战争。所有人都觉得这个主意就是在自杀，因为从来没有人能够到达机器之城。但Niobe相信Neo，表示愿意将the Logos号交给Neo去完成这个不可能的壮举。
看到如此深明大义、冷静机智的Niobe，Morpheus也深感触动。The Hammer号采用Niobe的兵行险招利用维修管道回防Zion，the Logos号则前往机器之城，兵分两路。
挟持Trinity的Bane
但就在Neo和Trinity准备出发时，Bane Smith杀害了一直救治和照顾自己的医师Maggie，随后还摸进the Logos号挟持了Trinity。在Neo与Bane的打斗中，Neo的双眼也被弄瞎了。但这时Neo感觉自己不用眼睛也能够看见Bane，发现了他被Smith附体的真相，最后终于用一记漂亮的本垒打干掉了Bane。
此时机器乌贼也已经攻到了Zion，机器钻头突破了Zion的防御外墙，严阵以待的APU部队在Captain Mifune振奋人心的鼓舞下，与机器乌贼在空港展开了残酷的殊死搏斗。Threezero之前在2015年2月16日推出过一款1:12的APU玩具，喜欢黑客帝国和机甲的朋友可以去收藏一下。
APU机甲战士
人类依靠巨大的APU机甲战士和机器乌贼进行着你死我活的战斗，蜂拥而至的机器乌贼化身巨龙侵蚀着为数不多的APU机甲；Charra和Zee也用双弹火箭筒在一旁进行辅助，破坏了一个机器钻头，不过被发现行踪的Charra还是牺牲了。
所有人类都在为自身的生存而战斗着。但机器大军依旧不停歇、无差别地进行攻击。一直在维修通道航行的the Hammer号，在Niobe和Morpheus的驾驶与全体船员的分工合作下在朝空港3号口进发。为了守住3号门，Captain Mifune以一己之力抵挡成千上万的机器乌贼，但不幸牺牲了。这一幕堪称黑客帝国最为悲壮的一幕，没有之一。
机器侵袭
继承了Captain Mifune遗志的Neo小迷弟Kid，驾驶APU在门口继续坚守着，尝试击碎平衡锤。Kid在Zee电磁枪的协助下，终于打开了大门。随后The Hammer号用EMP挽救了即将失败的战局。
但还没有给幸存者太多喘息的时间，更多的机器乌贼已经杀到。指挥官Lock只好下令放弃空港，全体撤退。
炸掉空港
Morpheus、Niobe和Roland三位舰长给议会众议员解释情况，但面对不断袭来的机器大军，大家现在只能将唯一的希望寄托在the Logos号和Neo身上。
与此同时，Neo和Trinity也在向着机器之城进发。Neo利用自己的超能力杀出一条血路，但在不断袭来的机器乌贼猛烈攻势下，the Logos号飞船只能向天空进发。The Logos号穿越遮蔽了天空的黑暗云层，Neo和Trinity第一次见到了光明温暖的太阳。随后失去能源以及破损严重的the Logos号，以Trinity被机器爪贯穿，付出生命的代价，终于到达了机器之城。
久违天日
Neo无法拯救心爱的人，但他还要拯救世界。
Neo和机器之城的机器之主开始谈判，Neo向机器之主讲述了Smith的可怕之处，若是不阻止Smith，不管是人类，还是机器世界都会遭到灭顶之灾。最后机器之主与Neo达成协议，以消灭Smith为条件换取Zion的和平。
机器之主连接Neo，让Neo进入了矩阵世界。在暴雨淋漓中，Neo和Smith展开了惊天动地的最后决战。玩家可以在游戏中操控Neo如同超人一般在空中格斗、飞行和跳跃与Smiht进行决斗。他们两人如同镜子的自己一般，也和兄弟一样，他们上天入地，使出各种招数，迎接生命的最后目的，死亡。“The purpose of life is to end.”
Neo VS Neo
最后Smith以一招隼龙的绝技“饭刚落”结束了战斗。一切似乎终于要完结。Smith也认为这就是获得先知预言之力看到的结局。
但Smith嘴里突然冒出一句似乎是先知说的话。“Everything that has a beginning has an end, Neo”因为Smith一直都是叫Neo的真名，Mr. Thomas Anderson.
Neo再一次站了起来，这次Neo没有反抗，自愿让Smith进行复制融合。但无法承受Neo救世主之力的Smith，开始连接爆炸毁灭。
饭刚落
但在游戏中，Neo并不是等着被Smith复制融合，而是再次奋起反抗。而Smith也不再小打小闹， *** 所有的Smith，化身成了一个巨大的“变形金钢Smith”。最后Neo也以超人之姿冲向Smith，同归与尽。
变形金刚Smith
消灭了无穷无尽的Smith，机器之主让机器大军撤退。Zion的民众也终于迎来了人类与机器战争的和平。
随后“we are the champion”歌声响起，游戏结束了。
矩阵世界恢复了正常，架构师也与先知进行了充满意味的对话。
架构师
关于最后的这一部分，我们进行一下解读。由于第六代矩阵加入了先知编写的情感程序以及“爱”。不符合预设规则的Bug程序Neo获得了“爱”，做出了不一样的选择，而本该是为了平衡Neo存在的Smith，也在Neo的影响下开始不断强化，想要获取更多的自由，强大的Smith已经占据了矩阵空间，而当本身就是Bug存在的Neo选择与Smith融合，就让Bug进行了系统消除，不再出现bug。
这样，机器世界与Zion的人类世界就可以在自己的空间进行运转，不再相互攻击，而是和平共处。影片结尾架构师和先知的对话，其实就是架构师问先知这两个程序能够持续运转多长时间？但先知也不知道程序什么时候还会出现bug，再次需要Neo。而对于那些希望自由的人，架构师说让他们自由选择。也就是架构师不再让机器世界与人类世界设限，这两个世界的人可以选择自由流动，也就是让矩阵世界的运行规则发生了变化。
和平会持续多久没有人会知道，但世界会变得更好吗，这是肯定的。
美好世界
在Path of Neo游戏的结尾前，导演沃卓斯基兄弟也恶趣味了一把，他们在结尾化身矩阵人，以不断加速的语速说了一段以下的话。
Andy Wachowski : Hi, Im Andy Wachowski.
Larry Wachowski : And Im Larry Wachowski.
Andy Wachowski : Or rather, these are the digital projections of our mental selves.
Larry Wachowski : First of all, congrats on reaching the final stage of this game. You kick ass.
Andy Wachowski : Yes, we salute your excellence in the gaming field.
Larry Wachowski : Now, the real reason we are here is to discuss the big problem we faced in turning these three movies into a video game. You see, at this point in the story, Neo stands on the verge of satori, ready to resolve the paradox of choice and choicelessness, of free will versus fate, but that can only be achieved through an act of surrender, which occurs after he has abandoned the perspectival nature of truth, accepting the totality of present consciousness which ultimately allows an evolutionary transition, transcending the Cartesian dilemma through the emergence of delimited spirit, which then provides the world with the choice of a third path, the path of Neo, the path of peace.
Andy Wachowski : You promised you wouldnt do that.
Larry Wachowski : Shit. Sorry.
Andy Wachowski : I think what my brother was trying to say is, at this point, its martyr time. Well, maybe that works in a movie, but in a video game, the Jesus thing, is well...
Larry Wachowski : Lame.
Andy Wachowski : Really lame. If youre like us, then right now, you are ready for fifteen minutes of sweaty-palmed, button-pushing, action to kick the crap out of some big, bad-assed, boss!
Larry Wachowski : So we suggested to Shiny that we change the ending.
Andy Wachowski : We thought it be cool after Smith rose up, screaming, "Its my world," the other Smiths jumped onto him, merging into one massive, monster, Mega-Smith.
Larry Wachowski : So, if youre ready, its time for a little Hulk versus Galactus action.
Andy Wachowski : Good luck.
Larry Wachowski : Youll need it!
Andy Wachowski : And enjoy enlightenment!
沃卓斯基兄弟
这段对话似乎揭示了与电影不一样的结局。我们下期再来讨论一下黑客帝国电影、游戏、动画中的那些充满隐喻和富有哲理的话。
感谢大家的阅读与关注，也希望大家能够积极评论和交流，留下您想要知道的游戏故事或想要尝试的游戏，嗦粉研究室·PS考古砖家会认真考虑大家的建议和意见。
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