本
文
摘
要
计算模拟，专业更专注；
真诚服务，科学更严谨。
中科科翼，让科研更容易。
光阴似箭，日月如梭，不知不觉间我们送走了“虎虎”生威的虎年迎来了前“兔”无量的兔年 ，但疫情也已席卷了我们整整三个年头。在这一年里大家可能经历了封城、隔离、解封、“阳”康、“阳”过、王重阳……
我们小张聊科研编辑部给大家整理了课题指南针2022年点击量TOP10的科研相关文章，带领大家回顾过去一整年有什么大家都特别关注什么呢？
TOP1：肿瘤新顶刊（Nature cancer）的思维：利用临床资料发表高水平论文
在临床工作中，我们会收集很多临床资料，但我们往往忽视对这些资料的合理应用，而对这些临床资料进行合理的处理也可以发表顶刊。本文以发表在Nature cancer（首年IF=23.17）的一篇文章“Multimodal data integration using machine learning improves risk stratification of high-grade serous ovarian cancer”学习如何利用临床资料发表顶刊。
TOP2：最近热炒的“铜死亡”怎么就忽然火起来了呢?看完这篇文章你就全明白了
“铜死亡”相关领域进展非凡，两个新术语“cuproplasia”和“cuproptosis”最近已被用于表示由铜作用引发的独特生物过程。被广泛接受的理论表明，铜离子载体利用了肿瘤组织中大量存在的铜，或者，它们利用了氧化应激引起的癌细胞易感性。下一代选择性铜离子载体应该利用仅能被特定受体识别的靶向单元，同时这些受体仅存在于特定类型的癌细胞中，这样就使得下一代铜离子载体获得更加精准的靶向效果。
本文给大家解读的这篇“Selective Targeting of Cancer Cells by Copper Ionophores: An Overview”，文章讨论了铜离子载体，还提出了进一步改善铜离子载体对癌细胞的靶向性的方法。
TOP3：一文带你吃透“铁死亡”，小编吐血整理！！！我敢说一定还有你不知道的！
大家经常看各种与铁死亡相关的文献，但接收到的信息非常碎片化，东一头，西一头，不便于个人理解和掌握，似懂非懂的感觉，让人不爽。故本文吐血整理了有关铁死亡的机制途径、特征及可能申请项目的思路，希望此文能够帮到你！
TOP4：肿瘤相关巨噬细胞、T细胞耗竭，老表型翻出新花样，还得看这个免疫学顶刊
抗原递呈细胞是能够诱发淋巴细胞发生免疫应答作用的细胞，主要分为专职抗原递呈细胞（单核吞噬细胞系统、 树突状细胞）和非专职抗原递呈细胞（包括血管内皮细胞、上皮细胞、间质细胞、皮肤成纤维细胞、活化的T细胞等），近几年APCs研究多集中于专职抗原递呈细胞，也就是单核吞噬细胞（包括巨噬细胞）和树突状细胞（DCs）。
肿瘤免疫方向（包括免疫逃逸）成为研究热点其实已经很多年了，为什么最近几年仍然热度不减，而且不断有新研究层出不穷呢？这还得从肿瘤的特征和多种免疫逃逸方式说起。
2022年最新发布的综述《肿瘤特征》（Hallmarks of Cancer: New Dimensions，PMID: 35022204）中提出了14种肿瘤的典型的特征，其中与免疫直接相关的就有两个：免疫逃逸和促肿瘤炎症。
本文讲的就是“表达自体抗原”的肿瘤细胞如何影响专职抗原递呈细胞（肿瘤相关巨噬细胞，TAM）导致CD8+T细胞耗竭，实现免疫逃逸的故事，题为“Tumor-associated macrophages expressing the transcription factor IRF8 promote T cell exhaustion in cancer”发表在免疫学权威顶刊《Immunity》上。（IF=43.474）
TOP5：Cell重大发现：微生物是肿瘤细胞转移的“元凶”！
在很长一段时间内，学界普遍认为肿瘤内部是无菌环境，但最近的几年的研究挑战了这一认知：肿瘤内含有微生物。发表在《Cell》上的一项研究表明，这些存在于肿瘤细胞内的细菌实际上可能赋予肿瘤细胞一种优势：在患有乳腺癌的小鼠中，胞内细菌通过提高肿瘤细胞离开原发肿瘤时的生存力来增强肿瘤细胞的转移能力。
TOP6：2011至2021年国家自然科学基金中医领域申请及资助情况分析
国家自然科学基金委员会(National Natural Science FoundationofChinaNSFC)在“十三五规划”中，将“中医理论的现代科学内涵及其对中药发掘的指导价值研究”纳入了医学部优先发展领域，并在其主要研究方向中提出了应加强证候与病证研究结合，深入挖掘其中的现代科学内涵。辨证论治是中医学的基本特点，也是中医学的精髓所在，辨证论治的要义是“审证求机，辨机论治”。证候是治疗时立法处方的主要依据,证候基础研究一直是中医药推广及中医理论现代化的核心内容。我国的证候研究从20世纪50年代开始兴起，至80、90年代证候规范化工作逐步展开。NSFC在1988年将“证候基础”设置为单独的学科领域，迄目前为止在NSFC的资助下业内已制定了一系列的中医证候诊断标准。本研究对2011至2021年证候基础研究的申请与资助情况进行了分析探讨目前证候基础研究的热点与存在的问题，以期为该领域内学者提供参考。
TOP7：这篇平淡无奇的27.401分的文章是怎么来研究干细胞的？
本文给大家解读一篇与干细胞相关的经典高分文章，题为：LncRNA PKMYT1AR promotes cancer stem cell maintenance in non- *** all cell lung cancer via activating Wnt signaling pathway，这篇研究的LncRNA PKMYT1AR调控非小细胞肺癌进展，及如何维持肿瘤干性的文章。研究内容涉及ceRNA调控机制、明星转录因子（YY1）、明星通路（WNT通路）、泛素化降解及肿瘤干性等多种热点，是一篇研究机理与临床治疗应用相结合的文章。
TOP8：凋亡坏死焦亡不知道怎么选？看完这篇从此不再纠结
在课题的起步阶段，当我们确定临床问题方向之后，就要考虑研究什么类型的细胞，以及选择合适的表型进一步探索。在保证表型和疾病有强相关性的基础上，关联科研热点无疑是提高研究创新性和前沿性的重要方式之一。而说到热点表型，今年最受瞩目的相信非铜死亡莫属。如何将类似铜死亡这样的热点融合到我们的研究中？如果无法关联最新热点，又应该如何选择合适的细胞表型呢？本文从大家平时接触最多，也最熟悉的细胞程序性死亡开始说起。
TOP9：巨噬细胞糖代谢重编程的非肿瘤研究思路，这篇Cell子刊值得看一看
自从糖代谢重编程发现以来，大量研究集中在肿瘤疾病，尽管研究的细胞类型从肿瘤细胞拓展到了巨噬细胞、T细胞等免疫细胞，但非肿瘤中的代谢重编程研究还是比较少。因此，这里为大家介绍一篇近期发表的脓毒症中代谢重编程研究思路，希望广大做非肿瘤研究的小伙伴能得到启发。
TOP10：国自然思路加点这条通路，逼格立马高大上！
氧化应激的概念最早在1985年被提出，近年来有大量研究表明氧化应激直接或间接参与了多种疾病的发生和发展，尤其在癌症的发生发展过程中，ROS的水平影响了肿瘤的增殖和分化，氧化应激相关研究也成为了国自然的热点话题。这篇来自Advance Science上（IF 16.806，2021）的文章，作者先前的研究发现了BRG1及DDIT4各自对ROS产生的调控作用，并揭示了它们之间的联系，通过细胞实验、动物实验来探讨上述各因子之间的相互作用机制，并在人肝脏组织中得到了证实。本篇文章通过完善的思路及实验设计，发现了一条调控ROS产生的一条新通路，进一步阐明了ROS与肝脏损伤之间的联系。
项目代算部分服务内容
1.量子化学从头计算
简介：
量子化学从头计算可以提供化合物电子结构信息，分析反应路径，预测化合物光谱和各种性质，量子化学从头计算软件可在不同型号的大型计算机，超级计算机，工作站和个人计算机上运行。与分子显示软件连用可以提供精美的分子结构和分子轨道图片。
主要功能：
化合物稳态结构的确定，如中性分子、自由基、阴、阳离子等；热力学分析，如熵变、焓变、吉布斯自由能变、键能分析及原子化能等；计算化学反应过程，如稳态及过渡态结构确定、反应热、反应能垒、反应机理及反应动力学等；计算并分析分子轨道；计算原子电荷、电势、偶极矩；振动频率分析及计算各大光谱，如IR, Raman, NMR, UV/Vis, VCD, ROA, ECD, ORD, XPS, EPR, Franck-Condon及超精细光谱等；计算极化率和超极化率；计算激发态结构及相关性质，如激发态结构确定、激发能、跃迁偶极矩、荧光光谱、磷光光谱、势能面交叉研究等；计算周期体系的能量，结构和分子轨道；计算分子间相互作用，如氢键及范德华作用。
2.材料化学模拟
简介：
针对材料科学领域研究者的科研需求，可以开展材料的电子结构计算、第一性原理计算、分子动力学模拟、建立分子的三维模型。以可视化方式对各种晶体、无定型以及高分子材料的性质及相关过程进行深入的研究。
主要功能：
搭建各种高分子、无定型聚合物、晶体以及界面模型，对小分子、高分子、晶体以及无定型聚合物等进行结构优化，得到合理的3D分子模型，键能、键长、键角以及相应的振动模式，HOMO和LUMO轨道，红外谱图和拉曼谱图等；计算多个物质间（小分子间、无定型聚合物间、界面间等）的相互作用能、结合能，包括分子间相互作用（氢键、静电相互作用等），化学键相互作用（共价键、配位键、离子键等）。对体系进行分子动力学模拟，体系平衡后，对体系中的物质进行RDF（径向分布函数）分析，MSD（均方根位移）分析，键长、键角以及末端距等结构变化分析等。分析化学反应过程，搜索反应的过渡态，从化学反应的热力学和动力学角度去判断化学反应的过程、反应的难易程度等；计算化学反应的势能变化（△E），焓变（△H），自由能变化（△G）等。模拟不同压力和温度等条件下，吸附剂骨架对吸附质分子的吸附过程，得到饱和吸附量、吸附的最佳位点、吸附能、吸附热等，判断骨架与分子的吸附形式（物理吸附与化学吸附）；X射线衍射分析。
3.第一性原理计算
简介：
第一性原理计算是目前材料模拟和计算物质科学研究中最流行的方法之一。针对周期性或非周期性材料，开展第一性原理计算，获得材料的电子结构信息，对材料性质开展预测。
主要功能：
采用周期性边界条件(或超原胞模型)处理原子、分子、团簇、纳米线(或管)、薄膜、晶体、准晶和无定性材料，以及表面体系和固体；计算材料的结构参数(键长,键角,晶格常数，原子位置等)和构型；计算材料的状态方程和力学性质(体弹性模量和弹性常数)；计算材料的电子结构(能级、电荷密度分布、能带、电子态密度和ELF)；计算材料的光学性质；计算材料的磁学性质；计算材料的晶格动力学性质(声子谱等)；表面体系的模拟(重构、表面态和STM模拟)；从头分子动力学模拟；计算材料的激发态(GW准粒子修正)。
4.Gromacs
简介：
用于研究生物分子体系的分子动力学程序包。它可以用分子动力学、随机动力学或者路径积分方法模拟溶液或晶体中的任意分子，进行分子能量的最小化，分析构象等。它的模拟程序包包含GROMACS力场(蛋白质、核苷酸、糖等)，研究的范围可以包括玻璃和液晶、到聚合物、晶体和生物分子溶液。GROMACS是一个功能强大的分子动力学的模拟软件，其在模拟大量分子系统的牛顿运动方面具有极大的优势。
主要功能：
计算结构和自由能；轨迹分析和均方位移；计算粘度；计算键长、键角、二面角；二面角主成分分析；氢键分析。
5.Lammps
简介：
主要用于分子动力学相关的一些计算和模拟工作，可以模拟液体中的粒子，固体和汽体的系综。也可以采用不同的力场和边界条件来模拟全原子，聚合物，生物，金属，粒状和粗料化体系。LAMMPS可以计算的体系小至几个粒子，大到上百万甚至是上亿个粒子。
主要功能：
计算结构和自由能；轨迹分析和均方位移；计算粘度；计算键长、键角、二面角；二面角主成分分析；氢键分析。
6.Amber
简介：
Amber是一个多个程序的 *** 包，大约包含50多个程序，相互协调工作，包含代码和演示的分子模拟软件包，由AmberTools和Amber组成，在多糖、核酸、蛋白质、质膜的模拟中有广泛应用。
主要功能：
计算结构和自由能；轨迹分析和均方位移；RMSD分析；RMSF分析；Cα角的分析；计算键长、键角、二面角；二面角主成分分析；氢键分析。
7.Autodock
简介：
Autodock是一款开源的分子对接软件，最主要应用于执行配体—蛋白分子对接，可以用于构建药物-靶标复合物结构、开展虚拟筛选研究。
主要功能：
刚性对接、半柔性对接、X-射线晶体学；基于结构的药物设计；先导化合物优化；虚拟筛选；组合库设计；蛋白—蛋白对接；化学机制研究。
8.有元限模拟计算
简介：
应用有限元模拟软件，在化学、力学、电磁场、流体、传热、化工、MEMS、声学等领域开展模拟分析，描述电化学过程、材料的力学性能、物质、能量动量的输运等。
主要功能：
电磁学；结构力学、声学；流体流动、传热；化工；多功能；接口产品
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