本
文
摘
要
基因功能研究
尤其是在细胞系的基因功能研究
通常是从三板斧开始的
基因干扰 基因过表达 基因敲除
今天我们来讲讲
最耀眼的基因敲除
想必大家都听过
基因敲除和基因干扰因为很相似
往往被不明就里地混用
但实际上基因干扰只是在
转录后水平上的降低基因表达
并不能像基因敲除那样
完全地把基因从基因组中剔除
有时候也会因为背景不干净
导致产生的表型难以分析
如果是干扰实验 蛋白表达降不下去
表型差异出不来 就只能做敲除咯
基因敲除怎么做
江湖上一直流传着4+2的传说
4是四种技术手段
(蛋白法、常规瞬转质粒法、
病毒法、Virus-Free™稳转质粒法)
2是两种gRNA设计策略
(移码敲除、片段敲除)
亲自动手的科研"汪"
或者服务公司从4+2中混搭
形成了自己的风格
十八般武艺 分外热闹
新人小白们
面对着4+2的江湖 内心是崩溃的
师兄说蛋白法好 见效快 干净无残留
师姐告诉你 病毒法好 省事又高效
导师也有建议 说别搞那些幺蛾子
瞬转质粒价格便宜 还能药筛
实验方法让人挠头
敲除策略也不省心
A公司做移码敲除 说高效快捷成功率高
B公司做片段敲除 说稳定省心WB干净
我们就来盘点一下这个4+2的江湖
评一评这十八般武艺
4种基因敲除的技术手段
总的来说,蛋白法不需要构建载体,最快捷,但是sgRNA容易降解,操作难度大,一般更多应用于点突变和定点插入;常规瞬转质粒法构建简单,但是效率低;病毒法效率高,但是周期长,成本更高;Virus-Free™稳转质粒法稳定整合而不需要包病毒,效率高周期短,是一种很好的替代病毒的方法。
两种gRNA设计策略
这是基因敲除通用的两种方法,都能实现基因功能的沉默。
移码敲除效率高,设计简单,但是后续蛋白检测风险较大,往往会出现WB敲除不干净的现象,导致敲除变干扰;片段敲除需要双gRNA同时起作用,效率较低,但是后续蛋白检测背景干净,结果有保证,更好发文章。
结语:
4+2如何选择,取决于最终目的和周期成本预算,也取决于不同细胞不同基因的类型。有位不知名的技术专家X man说过,“像293这种细胞,我闭着眼随便做,都能拿到一堆纯合子”。
作者:海星生物
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